Itämeren ympäristöön kohdistuu monia ihmistoiminnan aiheuttamia uhkia. Näiden uhkien tutkimuksen tavoitteena on kartoittaa, ymmärtää ja ennakoida ihmistoiminnan vaikutuksia meriympäristöön. Tähtäimessä on hallita ihmistoimien vaikutuksia meriympäristöön. Meriympäristön tila kertoo, miten tässä on onnistuttu.
Itämeren suojelukomissio on toimenpideohjelmassaan tunnistanut tärkeimmiksi Itämeren ympäristöuhkiksi meriympäristön rehevöitymisen, haitalliset aineet ja ympäristömyrkyt meressä, meriluonnon monimuotoisuuteen kohdistuvat uhkat sekä kasvavan meriliikenteen aiheuttamat uhkat. Näiden ihmistoiminnan aiheuttamien erityisten uhkien lisäksi ilmastomuutoksen ennakoidaan vaikuttavan laaja-alaisesti meriympäristöön.
Tässä osiossa käsitellään Suomessa tehtävää Itämeren rehevöitymistutkimusta, ilmastonmuutostutkimusta sekä haitallisten aineiden tutkimusta.
Meriluonnon monimuotoisuuden tutkimusta esitellään Rakenne ja toiminta -otsikon alla ja merenkulun tutkimusta koskeva aineisto sijaitsee Taloudellinen ja yhteiskunnallinen tutkimus -otsikon alla.