Meriekosysteemejä ja meriä yleensä koskevan tieteellisen tiedon ja ymmärryksen lisääminen on tavoite, jota Suomi edistää mm. kansainvälisten merentutkimusorganisaatioiden jäsenenä. Suomalainen merentutkimus keskittyy pääasiassa Itämeren tutkimukseen, jonka osuus kansainvälisesti julkaistusta suomalaisesta merentutkimuksesta on noin 90 prosenttia. Merentutkimusta rahoitetaan ministeriöiden, valtion tutkimuslaitosten ja yliopistojen budjettivaroista sekä kilpailluista tutkimusvaroista.
Tärkeitä kilpaillun tutkimusrahoituksen kanavia ovat Suomen Akatemian yleiset ja suunnatut tutkimusmäärärahat, Euroopan komission tutkimuksen puiteohjelmat sekä BONUS-ohjelma, joka rahoittaa merentutkimusta koko Itämeren alueella. Innovaatiotoiminnassa ja teknisessä kehitystyössä Tekes on keskeinen rahoittaja. Myös säätiöt ovat tärkeitä Itämeritutkimuksen rahoittajia, mm. Walter ja Andrée de Nottbeckin säätiö, Nesslingin säätiö ja Koneen säätiö. Lisäksi monet yleissäätiöt ovat rahoittaneet Itämeri-tutkimusta.
Merentutkimus on Suomessa pieni tieteenala: Vesialan tutkimus, josta merentutkimus muodostaa arviolta neljänneksen rahoituksella mitattuna, käsitti vuonna 2005 vain 0,7 prosenttia valtion tutkimusrahoituksesta. Suomen akatemian arvion mukaan kilpaillun tutkimusrahoituksen osuus kokonaisrahoituksesta koko vesialan tutkimuksessa oli noin 50 prosenttia vuonna 2005.
Rahoitustahoja:
