Tärkeimmät Itämeren vedenkorkeuteen vaikuttavat tekijät ovat ilmanpaine, tuuli, virtaus Tanskan salmien läpi sekä talvella merijään kattavuus ja sen tuomat vaikutukset. Vuoroveden vaikutus on Suomen rannikolla vain muutamia senttimetrejä.
Tuuli vaikuttaa vedenkorkeuteen kasaamalla vettä tiettyihin osiin Itämerta. Tämä kasaantumisvaikutus on erityisen selvää lahtien pohjukoissa - tästä johtuu se, että suurimmat ääriarvot saavutetaan näillä alueilla. Tuulen vaikutus voi olla hyvin paikallista.
Korkea ilmanpaine painaa vedenpintaa alaspäin. Yhden millibaarin paine-ero vastaa suunnilleen yhtä senttimetriä vedenkorkeudessa. Normaali ilmanpaineen vaihtelu voi siis aiheuttaa useiden kymmenien senttimetrien vedenkorkeusvaihtelun.
Veden virtaus sisään ja ulos Tanskan salmista vaikuttaa Itämeren kokonaisvesimäärään ja tätä kautta vedenkorkeuteen kaikilla mittauspaikoilla. Salmien virtaus aiheutuu vedenpinnan korkeuserosta Itämeren ja Pohjanmeren välillä sekä tuuliolosuhteista salmien alueella.

Yhtenäinen jääpeite vaikuttaa vedenkorkeuden lyhytaikaisvaihteluihin estämällä tuulen vaikutuksen veden pintaan. Kun tuuli ei pääse kasaamaan vettä rannikkoa vasten, korkeimpia ääriarvotilanteita ei synny yhtä helposti kuin avovesitilanteessa.
Vedenkorkeuksien käyttäytymisessä on havaittavissa vuodenaikojen aiheuttama jaksollisuus - tämän taustalla on lähinnä tuulen käyttäytymisen ja ilmanpaineen vuotuinen kierto. Keskimääräinen vedenkorkeus vaihtelee siten, että se on korkeimmillaan joulukuussa ja matalimmillaan huhti-toukokuussa. Myöskin vedenkorkeuden hajonta vaihtelee vuodenajoittain. Hajonta on voimakkaimmillaan talvella, marras-tammikuussa, ja heikoimmillaan kesällä touko-heinäkuussa. Yksittäiset vuodet voivat kuitenkin poiketa suuresti toisistaan, eikä tällaista keskimääräistä vuodenaikaiskiertoa ole nähtävissä joka vuosi.
| Asema | Maksimi | Minimi | Havaintoja vuodesta |
| Kemi | +201 cm (22.9.1982) | -125 cm (21.11.1923) | 1922 |
| Oulu | +183 cm (14.1.1984) | -131 cm (14.1.1929) | 1922 |
| Raahe | +162 cm (14.1.1984) | -129 cm (4.10.1936) | 1922 |
| Pietarsaari | +139 cm (14.1.1984) | -113 cm (4.10.1936) | 1922 |
| Vaasa | +144 cm (14.1.1984) | -100 cm (14.1.1929) | 1922 |
| Kaskinen | +148 cm (14.1.1984) | -91 cm (31.1.1998) | 1926 |
| Mäntyluoto | +132 cm (14.1.1984) | -80 cm (10.4.1934) | 1925 |
| Rauma | +123 cm (16.1.2007) | -77 cm (10.4.1934) | 1933 |
| Turku | +130 cm (9.1.2005) | -74 cm (10.4.1934) | 1922 |
| Föglö | +102 cm (14.1.2007) | -71 cm (10.4.1934) | 1923 |
| Hanko | +132 cm (9.1.2005) | -79 cm (28.1.2010) | 1887 |
| Helsinki | +151 cm (9.1.2005) | -93 cm (28.1.2010) | 1904 |
| Hamina | +197 cm (9.1.2005) | -115 cm (28.1.2010) | 1928 |
Taulukossa ilmoitetut vedenkorkeusarvot on annettu teoreettisen keskiveden suhteen.
Baltic Operational Oceanographic System
North West Shelf Operational Oceanographic System
Meriliikenteen ohjaus