Tanskan salmien yli virtaava valtamerivesi on Itämeren veden suhteen voimakkaan suolaista, ja siis raskasta. Noin neljännes vedenvaihdosta tapahtuu Öresundin kapean ja matalan salmen kautta, pääosa vaihdosta tapahtuu Belttien kautta. Nopeajaksoista edestakaista vedenvaihtoa tapahtuu jatkuvasti, mutta sillä ei ole juuri vaikutusta Itämeren veteen; sama vesi vain kulkee edestakaisin.
Vain erittäin poikkeuksellisissa olosuhteissa virtaus sisään kestää niin kauan (yli kaksi viikkoa), että se ehtii riittävän syvälle Itämereen ollakseen enää siirtymättä takaisin. Tälaisessa merkittävässä pulssissa Itämereen tulee muutamassa viikossa 200 - 400 km3 suolaista valtamerivettä. Suolainen vesi sekoittuu vain hitaasti Itämeren veteen, ja vaeltaa Arkonan ja Bornholmin altaiden kautta noin puolessa vuodessa Itämeren keskusaltaalle, Gotlannin syvänteelle, työntäen siellä olleen vanhan, usein vähähappisen, tai jopa kokonaan hapettoman ja rikkivetyä sisältävän vesimassan tieltään.

Viime vuosisadalla merkittäviä pulsseja on tullut 1913, 1921, 1951, 1976, 1993 ja 1994. Itämereen tulleen suolaisen veden määrä on vaihdellut 100 - 400 km3.
Harvatkin pulssit kuitenkin riittävät pitämään Itämeren veden suolaisena merivetenä. Suolaisuustaso pysyy kuitenkin matalana, vesi on siis murtovettä, ei makeaa eikä kunnolla suolaista. Tämä selittää osan Itämeren haavoittuvuudesta. Elämä on miljardeja vuosia sitten kehittynyt valtamerissä, ja siis alusta lähtien sopeutunut valtamerten voimakkaaseen suolaisuuteen. Veden kierto maapallolla (haihtuminen – ilmakehä – sadanta – valuma – meret) kestää noin 1000 vuotta.
Vuosimiljardeja kestänyt jatkuva prosessi on liuottanut maaperästä runsaasti mineraaleja jotka ovat huuhtoutuneet ennemmin tai myöhemmin valtameriin. Merissä puolestaan jatkuva mineraalikuormitus ja erilaiset kemialliset tasapainot ovat yhdessä johtaneet siihen, että suolapitoisuus ja suolan koostumus ovat saavuttanut vakiotason johon elämä on sopeutunut. Vastaavasti makeaa vettä on ollut miljardeja vuosia, ja osa maapallon eliöstöstä on sopeutunut elämään makean veden olosuhteissa. Maapallon murtovesialtaat ovat nuoria ja kaukana toisistaan. Itämerestä tuli murtovesiallas vasta viimeisen jääkauden loppuvaiheissa, alle 10 000 vuotta sitten. Elämällä ei ole yksikertaisesti ollut mahdollisuuksia luoda näihin olosuhteisiin hyvin sopivia lajeja, vaan elintilaa ovat vallanneet vain ne lajit jotka ovat pystyneet jollain tavalla sopeutumaan murtoveteen.

Koska keskimäärin Itämeren vedenpinta pysyy vakiotasolla, vallitsee tasapaino vesilisäyksen ja veden poistuman suhteen:
Vf + Vp + Vin = Ve + Vout
Valuma-alueelta tulevan vesikuormituksen (Vf), sadannan (Vp) ja Tanskan salmien kautta sisääntulevan vesimäärän (Vin)tulee siis olla yhtä suuri kuin haihtuman (Ve) ja Pohjanmereen poistuvan vesimäärän (Vout). Itämeren vesitase on positiivinen; siihen valuvan makean veden määrä on suurempi kuin haihtuma. Ylimäärä valuu Tanskan salmien kautta Pohjanmereen. Keskimääräinen vedenvaihto Itämeren ja Pohjanmeren välillä on vain noin 400 km3 vuodessa; veden keskimääräinen, täysin teoreettinen viipymäaika Itämeressä (makean veden ja suolaisen veden lähteet yhteenlaskettuina) on siis 22 vuotta.
Tavallaan tämä suuri makean veden määrä "huuhtelee" jatkuvasti Itämerta. Ilman ajoittaisia suolaisen valtameriveden "pulsseja" Pohjanmereltä Itämereen muuttuisi Itämeren vesi nopeasti suolattomaksi. Suurten pulssien välisinä "stagnaatiokausina" Itämeren veden suolapitoisuus laskeekin huomattavasti.
Runsaan makeanvedenkuormituksen ja vähäisen vedenvaihdon takia Itämeren vesi on voimakkaasti kerrostunutta. Pintavesi on heikkosuolaista, syvän veden kerros voimakassuolaista ja siis raskaampaa. Näiden vesimassojen väliin muodostuu kerros, jossa suolaisuuden vertikaalimuutos on suhteellisen suuri. Kerrosta kutsutaan halokliiniksi. Kerrostuneisuus estää vertikaalisekoituksen varsinaisella Itämerellä, ja hapen siirtymisen pinnalta pohjaan. Ainoa tapa saada uutta, hapekasta vettä varsinaisen Itämeren pohjalle on riittävän voimakas suolaisen Pohjanmeren pintaveden pulssi Itämerelle.
