Itämeren kaikkien rantavaltioiden toiminta vaikuttaa mereen. Siksi yhteistyö on Itämeren suojelussa avainasemassa. Itämeri vaatii erityistä suojelua, sillä se on perusominaisuuksiensa vuoksi haavoittuvainen: lähes suljettu, matala ja kylmä murtovesiallas. Itämeren alueella on runsaasti ympäristön, liikenteen ja taloudellisen kasvun kuormitusta ja haasteita, jotka koskettavat kaikkia alueen maita.
Itämerta suojellaan sekä kansallisin että kansainvälisin toimin. Suomen omat toimet vaikuttavat pääasiassa rannikkovesien tilaan. Kansainvälisellä yhteistyöllä suojellaan rannikkovesien lisäksi avomerta. Yhteistyötä tehdään eri tasoilla: sopimuksilla säädellään kansallista toimintaa ja asetetaan tavoitteita, hankkeilla ratkotaan käytännön ongelmia niiden alkulähteillä. Vakavin Itämeren ongelma on rehevöityminen. Monet suojelutoimet keskittyvätkin juuri rehevöitymisen hillitsemiseen.
Puoli vuosisataa kotimaista ja kansainvälistä suojelutyötä
Suomessa on tehty aktiivista työtä vesien ja Itämeren suojelemiseksi 1900-luvun puolivälistä lähtien. Vuonna 2002 laadittiin Suomen Itämeren suojeluohjelma, jolla pyritään vähentämään meren rehevöitymistä sekä parantamaan Itämeren luonnon ja vesialueiden tilaa.
Kansainvälisesti merkittävä on ollut Itämeren merellisen ympäristön suojelusopimuksen eli ns. Helsingin sopimuksen voimaantulo vuonna 1980. Uudistettu sopimus tuli voimaan vuonna 2000. Sopimuksen toimeenpanoa valvoo Itämeren suojelukomissio HELCOM, jossa rantavaltiot toimivat yhdessä Euroopan komission kanssa.
Myös lähialueyhteistyö ja EU-jäsenyys tarjoavat Suomelle mahdollisuuden toimia Itämeren alueen hyväksi. Uudenlainen lähestymistapa on lokakuussa 2009 hyväksytty EU:n Itämeri-strategia, joka yhdistää EU-tason ja paikallistason toimet sekä maiden ja alueiden välisen yhteistyön.